Berdirinya Fakultas Ekonomi Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang sebenarnya tidak lepas dari cikal-bakal perjalanan panjang sejarah kelembagaan yang berawal dari berdirinya Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Surabaya di Malang. Selanjutnya lembaga ini berturut-turut mengalami alih status menjadi Sekolah Tinggi Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Malang, Universitas Islam Indonesia Sudan (UIIS) Malang dan yang terakhir sekarang menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang. Oleh karena itu untuk meruntut sejarah FE UIN Maliki Malang dengan sendirinya tidak mungkin menafikan perjalanan sejarah masing-masing dari keempat kelembagaan tersebut yang dalam paparan berikutnya akan dipilah menjadi empat periode kelembagaan.

Pertama, Fakultas Tarbiyah. Periode ini merupakan masa dependensi  yang cukup panjang bagi perjalananan sebuah lembaga pendidikan tinggi.  Kurang lebih empat dekade, atau tepatnya sekitar 36 tahun fakultas ini menjadi bagian dari Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Ampel Surabaya. Hal ini terjadi karena sejak secara resmi berdiri pada tahun 1961,  IAIN Sunan Ampel Surabaya  baru memiliki dua fakultas, yaitu Fakultas Syari’ah di Surabaya dan Fakultas Tarbiyah di Malang. Secara akademis alasan penempatan kedua fakultas tersebut di kedua tempat yang berbeda, karena Fakultas Syari’ah di Surabaya diharapkan bisa berkembang dengan pembinaan dari Fakultas Hukum Universitas Airlangga (UNAIR) Surabaya. Sedangkan Fakukltas Tarbiyah di Malang diharapkan pembinaan pengembangan dari Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Malang. Secara realitas Fakultas Tarbiyah ini perkembangannya cukup pesat,  bahkan dalam berbagai aspek mungkin mendahului beberapa fakultas yang sama-sama berinduk ke IAIN Sunan Ampel Surabaya. Sampai dengan menjelang perubahan status, Fakultas Tabiyah di Malang telah mengalami beberapa pergantian pimpinan (dekan) dan mengembangkan dua jurusan yaitu Jurusan Pendidikan Agama Islam dan Pendidikan Bahasa Arab, Tadris Matematika, Biologi, dan Bahasa Inggris.

Kedua, Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Malang. Periode ini merupakan masa otonomi dan pengembangan. Diakui bahwa selama masa dependensi, Fakultas Tarbiyah di Malang sangat terbatas untuk mengekspresikan gagasan-gagasan besarnya karena masih terkendala oleh kebijakan makro induknya   yaitu IAIN Sunan Ampel Surabaya. Karena itu sejalan dengan semangat reformasi,  pemerintah pusat (Departemen Agama Republik Indonesia) akan memberikan kesempatan kepada semua fakultas di daerah seluruh Indonesia untuk mandiri. Ini dimaksudkan agar fakultas di daerah bisa mengembangkan diri sesuai dengan potensi dan karakternya masing-masing.

Akhirnya dengan kebijakan itu terjadilah peralihan status Fakultas Tarbiyah menjadi STAIN Malang berdasarkan; 1). Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997 Tanggal 21 Maret 1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri jo. 2). Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 296 Tahun 1997 tanggal 30 Juni 1997 tentang Organisasi dan Tata Kerja STAIN Malang, jo. 3). Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor E/136/1997 tanggal 30 Juni 1997 tentang Alih Status dari Fakultas Daerah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri. Pada masa otonomi dan pengembangan ini, dengan semangat reformasi,  STAIN Malang sejak tahun 1997 mulai membuka beberapa jurusan baru, antara lain Jurusan Syari’ah dengan Program Studi Akhwal al-Syakhshiyah dan Mu’amalah. Program Studi Mu’amalah yang diarahkan untuk pengembangan Ekonomi Islam itu digagas untuk mengantisipasi kebutuhan sumber daya manusia (human resources) yang